准教授
井上 潤 Jun INOUE, PhD
- 東京大学大学院農学生命科学研究科・水圏生物科学専攻
研究理念
生物の由来に興味があります。
jinoue[at]g.ecc.u-tokyo.ac.jp
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TEL
04-7136-6325（内線66325）
Office
東京大学大気海洋研究所3階314号室
これまでの主な研究
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- ゲノム比較を行うウェブツールの開発
- 種の系統関係を枠組とした解析を行うウェブツールを開発しました。コード領域の解析では、遺伝子の由来を的確に推定する ORTHOSCOPE を開発しました。 非コード領域の解析では、保存的な配列の並び方を種間で比較する dbCNS を開発しました。
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- ゲノム進化
- ORTHOSCOPEで推定した遺伝子の系統樹を使って、ゲノムや組織の進化を研究しました。真骨魚類では、その根幹で3億年前に全ゲノム重複が起こった後、コピーされた遺伝子がまとまって欠失し、急速に現在のような姿のゲノムに再構成されたことを明らかにしました。脊索動物では、ホヤやナメクジウオの特殊な筋肉を構成する部品の多くが、脊索動物で共有される「骨格筋」に由来することを明らかにしました。
- dbCNS を用いて、非コード領域の進化を研究しています。非コード領域では種間で対応する配列を見出すことすら難しいですが、調節配列が縦列重複した形跡を検出することに成功しました。
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- 系統進化
- ミトコンドリアゲノムの情報を用いて、魚類の系統進化における数多くの問題を解決しました。
研究内容
魚類だけでなくホヤ、ナメクジウオなど無脊椎動物にも興味があります。
分子系統解析によって、ゲノムや遺伝子、形態、行動などの進化を研究しています。
最近の代表的な原著論文
リサーチマップ-
J Inoue.
"ORTHOSCOPE*: A phylogenetic pipeline to infer gene histories from genome-wide data."
Molecular Biology and Evolution (2022)
Doi: 10.1093/molbev/msab301
日本語の説明 -
J Inoue, N Saitou.
"dbCNS: A new database for conserved noncoding sequences."
Molecular Biology and Evolution (2021)
Doi: 10.1093/molbev/msaa296 -
J Inoue, N Satoh.
"ORTHOSCOPE: An automatic web tool for phylogenetically inferring bilaterian orthogroups with user-selected taxa."
Molecular Biology and Evolution (2019)
Doi: 10.1093/molbev/msy226 -
J Inoue, N Satoh.
"Deuterostome genomics: Lineage-specific protein expansions that enabled chordate muscle evolution."
Molecular Biology and Evolution (2018)
Doi: 10.1093/molbev/msy002 -
J Inoue, Y Sato, R Sinclair, K Tsukamoto, M Nishida.
"Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling."
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA (2015)
Doi: 10.1073/pnas.1507669112
日本語の説明 -
JG Inoue, M Miya, MJ Miller, T Sado, R Hanel, K Hatooka, J Aoyama, Y Minegishi, M Nishida, K Tsukamoto.
"Deep-ocean origin of the freshwater eels."
BIOLOGY LETTERS (2010)
Doi: 10.1098/rsbl.2009.0989